Si el software detecta una inestabilidad del flujo que no puede restaurar mediante la función Auto Maintain (Mantenimiento automático) en 1 minuto, se desactiva la función de mantenimiento automático y se inicia la recuperación automática (Auto Recovery).

En el modo Auto Recovery (Recuperación automática), el sistema detiene secuencialmente el flujo de muestras, despliega el colector de residuos e inicia la eliminación de burbujas de la cámara de flujo (Flow Cell De-bubble). Si la recuperación automática (Auto Recovery) se realiza correctamente, el sistema regresa al estado de mantenimiento automático (Auto Maintain) y reinicia la separación automáticamente. Si la recuperación automática (Auto Recovery) falla, la separación se detiene y se requiere la intervención del usuario para, por ejemplo, limpiar el soporte del “nozzle” o realizar la calibración de la separación.